由于城市生活污水中含有大量的微生物，包括對人體有害的細菌、原生動物的卵囊和包囊、蠕蟲、病毒等，因此污水處理廠的出水必須進行消毒，許多有害微生物的檢測工作量非常大。為了更快速地檢測污水中有害微生物的數量，將糞便大腸菌群的數量作為污水廠的生物危害指標。污水廠在排出污水廠之前，應進行相應的處理，將糞便大腸菌群的數量降低到一定的指標范圍內，污水廠的消毒是為了減少污水中的有害微生物，使環境可接受。應注意的是，污水處理廠的消毒不是滅菌。消毒是達到一定量，殺菌是殺滅一切。

在污水處理廠的消毒中，還有許多其他常用的消毒劑。次氯酸鈉是常用的一種。次氯酸鈉是一種含氯消毒劑。其消毒原理與氯氣基本相同。它通過抑制微生物中酶的活性來實現微生物的滅活和消毒。氯消毒按有效氯計算，次氯酸鈉的有效氯為95.3%。一般情況下，工廠制備的次氯酸鈉直接運至工廠加藥。次氯酸鈉溶液的濃度在12~15%之間，轉化為有效氯的濃度在11~13%之間。因此，在污水處理廠采購次氯酸鈉時，不要被一些企業誤導。一般情況下，有效氯的含量在10%左右是正常的。高于此值為false。此外，次氯酸鈉濃度越高，越容易揮發。污水廠在儲存過程中，易揮發，濃度降低。注意在儲罐頂部留有氯氣釋放孔，儲存空間應強制排氣，防止有毒氣體積聚。污水處理廠使用的 次氯酸鈉通常按可用氯的10%計算。